Não há notícia certa do dia, mês e ano, da sua fundação, por não haver título no cartório que o declarasse, nem os cronistas o descobriram até 1859.
Consta que já tinha sido fundado pelo rei D. Dinis, em 27 de Fevereiro, da Era de César de 1333 (ano de Cristo de 1295), concedendo licença para a fundação o bispo e Cabido de Lisboa, aceitando também o abade de Alcobaça, e a primeira abadessa e religiosas.
O fundador dotou o mosteiro, e nomeou para património dele os padroados das Igrejas de Santo Estêvão de Alenquer, São Julião de Santarém, e também a mata de Loures, casas, vinhas, pomares, hortas, olivais, pedreiras, lagares, moinhos e fornos em diversos sítios.
Posteriormente, dotou os padroados das Igrejas de São Julião de Frielas e de São João Baptista do Lumiar, quinze moios de pão de foro anual (que se trocou com o rei D. Afonso IV, filho do fundador, por outra fazenda), as lezírias da toureira, uma marinha de sal, entre outros, tudo nos sítios de Odivelas, Pombais, Loures, Lisboa, Sintra, Alenquer, Castanheira seus limites e termo. Nomeou rendas de algumas destas fazendas, para diversos fins da Igreja, e sustentação da enfermaria, de acordo com a carta da fundação, e seus traslados autênticos, e de várias doações do rei, juntamente com outras de reis e rainhas, em confirmação do mesmo.
Um dos privilégios concedidos por D. Dinis ao Mosteiro, foi o de poder herdar qualquer fazenda comprada, ou adquirida, pelas religiosas que falecessem professas, sem embargo da lei que o proibia, estabelecida pelo mesmo.
Estipulou que as religiosas fossem à Igreja, junto da sua sepultura, encomendá-lo a Deus. Alcançou uma bula pontifícia para que este Mosteiro gozasse de todos os privilégios que tinham sido concedidos ao Mosteiro de Alcobaça.
Por sua vez, D. Pedro I, ratificou o privilégio do couto.
D. Afonso V, confirmou o privilégio, mas D. Felipe II, recusou, ficando desde então, sem vigor a respeito dos criminosos.
D. Fernando, libertou o mosteiro de certos tributos, seguiram-se privilégios concedidos por outros monarcas, nomeadamente D. João I, D. João II, D. Manuel I, D. Afonso IV, D, Afonso V, D. João III, D. Duarte (proibiu que se emprazassem bens do mosteiro a pessoas poderosas), D. Afonso IV, D. Pedro II, D. Filipa de Lencastre, D. Catarina (mulher de D. João III), recolhidas neste Mosteiro (Maria Vasquez, entre outras), D. Catarina, mulher de D. Grácio de Castro (bisavô de quatro religiosas irmãs com este apelido), bem como documentos pontifícios de Paulo IV, Martinho V, produzidos ao longo dos séculos, entre outros.
Em 1859, o convento pertencia ao concelho de Belém.
Em 4 de Agosto de 1886, a Fazenda Nacional tomou posse do Convento.
Contém a descrição e avaliação do edifício do Convento, igreja, cerca, anexos, de bens imóveis (rústicos e urbanos) e dos bens móveis, alfaias, objectos de culto e profanos, foros, prazos, autos de avaliação, mapas de despesa, pessoal do Convento (sendo abadessa D. Maria Carlota Anchieta), títulos de crédito público, propriedades e enfiteutas.
Compreende a minuta do inventário dos bens do Convento do concelho de Belém, sendo juiz o desembargador da Relação Eclesiástica, João de Deus António Pinto, e escrivão da Fazenda do distrito de Lisboa, Joaquim António Gonçalves. Estiveram presentes no acto, os capelães Rufino Maria Vares Ferro, e António Simões Leite, o procurador do Convento, António Manuel de Araújo, a madre abadessa D. Maria Carlota Anchieta, a madre prioresa D. Inês Margarida do Nascimento e Sousa, e a madre escrivã cartorária D. Guilhermina Rafael da Silva Valente (1859, 365 f.).
A Igreja do Convento compunha-se da capela-mor com suas casas contíguas, uma contendo o túmulo de D. Dinis, e outra de um infante de Espanha.
Inclui o termo de depósito de objectos - tapetes da Pérsia, objectos de prata, entre outros - na posse do cardeal patriarca, transportados para São Vicente de Fora.
Contém a relação de títulos de padrões de juros reais, carta de D. Carlos I, de venda de um foro imposto num prédio de casas arrematado por D. Maria José Baptista Bello de Carvalho, 2 de Dezembro de 1891 (perg.), listas de bens arrematados (impressas).
Inclui documentação dos condes do Restelo, visconde de Odivelas, viscondes de Ouguela, condes do Restelo, de Joaquim Ladisláu de Morais, tutor das filhas do falecido marquês de Viana (1895).
Reúne documentação da venda de propriedades de D. Maria da Madre de Deus Ritta Haucourt de Sousa Padilha e Seixas, viúva de Francisco Peixoto Coelho Pinto Pereira da Silva, e herdeira universal de seu pai Pedro Norberto Haucourt de Sousa Padilha e Seixas.
Integra o livro do Inventário do arquivo do Real Mosteiro de São Dionísio de Odivelas (1891, 122 f.).
Os livros do espólio foram descritos e avaliados por José Ferreira da Silva, José Pedro da Cruz Leiria, avaliador, em 30 de Abril de 1887.
O cartório possuía um manuscrito (Evangelhos) feito e desenhado pela filha do herói de Aljubarrota, D. Filipa de Lencastre, que a infanta-freira por sua morte legou ao mosteiro.
O acervo era constituído por breviários da Ordem de Cister, livros de usos e cerimónias cistercienses da Congregação de Santa Maria de Alcobaça, "Trabalhos que Jesus passou desde a hora em que foi Concebido até à Sua prisão", por frei Tomé de Jesus, "Cartas de Santa Madre Teresa de Jesus", impresso em espanhol, "Diferença entre o temporal e o eterno", por João Eusébio Nieremberg, "Imitação de Cristo", por Tomás Kempi, "Grito das almas no Purgatório", pelo Dr. José Bonet, "Carta de Marear", por frei António do Rosário, "Itinerário da Terra Santa", por frei Pantaleão de Aveiro, "Notícia dos custosos meios por onde veio a Portugal a Ordem de São Salvador", por soror Mariana Josefa, "Compromisso da Irmandade do Santíssimo do Real Mosteiro de São Diniz de Odivelas", da Irmandade de Passos, biografias, hagiologias, regras monásticas, místicas, orações. Obras publicadas em diversos idiomas.
Contempla ainda documentação da abadessa D. Maria Carlota Anchieta sobre obras de restauro no edifício do Convento, particularmente na igreja onde estava sepultado o rei D. Dinis.
Inclui a planta da igreja paroquial de Odivelas, desenhada e copiada por António Maria Rolim Caruço, assinada por V.J. Correia, arquitecto, e copiado por Augusto José Quadrio dos Reis, planta geral do edifício do ex-Convento de Odivelas, o projecto das obras para a instalação de uma associação piedosa e de ensino do sexo feminino a cargo do engenheiro director José Joaquim de Paiva Cabral Couceiro, da Secção de Arquitectura n.º 7, da Direcção das Obras Públicas e Minas, do distrito de Lisboa (1887).
A 27 de Maio de 1898, D. Afonso Henrique Maria Luís Pedro de Alcântara Carlos Humberto de Bragança, duque do Porto (filho do rei D. Luís I de Portugal e de D. Maria Pia), presidente da comissão executiva, do Instituto destinado à educação e manutenção de orfãs de oficiais do Exército e da Armada, solicitou o edifício do Convento.
Em 6 de Dezembro de 1899, o duque do Porto, os generais Craveiro Lopes, António de Queirós, Eliseu de Serpa Dias Costa, o major Albuquerque, e os capitães Gonzaga, e Andrade, nomearam regente D. Maria do Carmo Pinto de Magalhães, e sub-regente D. Luísa da Cunha e Silva do Instituto D. Afonso. Foi eleito o conselho gerente, composto ainda pelo coronel Morais Sarmento e os capitães Gonzaga e Alves.
Os estatutos tinham sido aprovados por Decreto de 9 de Março de 1899. Tinha um carácter particular, funcionava por cotas entre os oficiais.
Em 1936, este instituto situado em Odivelas (ocupava parte do edifício e cerca) era designado por Instituto Feminino de Educação e Trabalho.
Integra também documentação relativa ao Convento de Nossa Senhora da Nazaré do Mocambo, da mesma Ordem.
Em 2 de Setembro de 1896, ainda era viva a religiosa professa do suprimido Convento do Mocambo, a qual residia na freguesia de Odivelas.
O Convento do Mocambo foi agregado ao de São Dionísio de Odivelas.
A Igreja e algumas propriedades anexas foram cedidas ao Instituto D. Afonso, posteriormente denominado Torre e Espada.
O sino da igreja foi entregue à Junta da Paróquia da freguesia de Nossa Senhora da Quietação, de Valada, concelho do Cartaxo, sendo outros objectos entregues a irmandades, ao prelado, à Academia de Belas Artes de Lisboa, entre outras instituições.
Os livros da biblioteca do Convento, do n.º 1 até o n.º 169 das verbas do inventário, conforme Decreto de 29 de Dezembro de 1887, foram entregues a Luís Carlos Rebelo Trindade, conservador da Biblioteca Nacional de Lisboa e Inspector das Bibliotecas Públicas, em 20 de Julho de 1888.
Os livros descritos nas restantes verbas, já tinham sido levados pelo solicitador da Câmara e Cúria Eclesiástica, em 18 de Junho de 1887.
Durante a administração da abadessa D. Maria Carlota Joaquina Anchieta (falecida em 1874), desapareceram alguns objectos de culto e profanos, entre os quais um cofre que continha o corpo de São Guilherme, bem como as alfaias que foram doadas por D. Dinis, por testamento de 20 de Junho de 1328.
Os tapetes que estavam destinados ao Museu Nacional, foram levados para o Paço de São Vicente de Fora, bem como os livros de pergaminho iluminado.
O marquês de Valadas ficou com mobiliário.
Na minuta do inventário dos bens do Convento do concelho de Belém alude-se à fundação do Convento por D. Dinis, neste sítio que chamava da [s]ua camara de morada.
(fonte: Torre do Tombo)
